（１）科学技術研究とイノベーションを通じたミンダナオの産業振興
MJ-STePはミンダナオの４つの大学とMOAを締結し、科学技術分野の研究者等に対する奨学金の支給、また、日ミンダナオの大学間の共同研究等の推進、産官学連携の促進などに取り組んでいます。具体活動領域は以下のとおりです。
学位取得（修士・博士）のための奨学金支給
- MOAを署名したミンダナオの４提携大学の研究者（主に大学教員）に対し、科学技術分野で博士号／修士号を日本の大学で取得するための奨学金を支給します。
共同研究及び大学間協力促進と産官学連携の推進
- ミンダナオの社会と経済の持続可能な発展のため、社会課題解決、産業競争力強化、バリューチェーン強化、イノベーション・エコシステム形成などの取組みに貢献するため、ミンダナオと日本の大学による共同研究を形成します。
- イノベーティブな技術の社会実装により上記の諸課題を達成するため、産官学連携強化に努めます。
- このような取り組みにより、ミンダナオの持続可能な発展にとり重要な地域の平和と安定に寄与します。バンサモロ・ムスリム・ミンダナオ自治地域（BARMM）や紛争の影響を受けている地域（Conflict-affected areas）の雇用創出などを通じた社会と経済の発展を重視します。
日本企業との連携
- MJ-STePはミンダナオの産業発展に重要な新技術の社会実装のため、当該分野の技術と経験を持つ日本企業との連携を図ります。これにより、イノベーティブな技術の開発から社会実装に至るプロセスを日本の大学と日本企業と連携して推進していきます。
（２）日本語教員に対する奨学金支給
日本とミンダナオの関係強化には日本語教育が極めて重要な役割を果たします。MJ-STePはこの分野で長年に亘り優れた取り組みをしてきたミンダナオ国際大学の日本語教員が、日本語能力と日本語教授法の能力を高めるための留学のための奨学金を支給しています。
（３）ミンダナオの地方自治体との連携
ミンダナオの地方自治体（Local Government Unit）職員の能力構築、日本の地方自治体との関係構築などの取り組みを行っています。