MJ-STePはミンダナオにおける科学技術分野の研究の振興、産官学連携によるイノベーションの社会実装、ミンダナオの持続可能な社会・経済の発展などに貢献することを使命としています。このような取り組みを日比両国間の対等なパートナーシップに基づき「共創」の精神に基づいて、日本とフィリピンの戦略的関係の強化に貢献することを目指します。MJ-STePは日本とフィリピンをはじめとするASEAN諸国と太平洋島嶼諸国の連携強化に努めます。